2008年汶川大地震给卧龙大熊猫栖息地造成影响，严重的山体坍塌把大熊猫通道及栖息地切割成了许多孤岛，直接影响了野生大熊猫的垂直迁徙。
中国保护大熊猫研究中心卧龙基地距离震中直线距离不到20公里，在地震中受到重创，32套大熊猫圈舍有14套完全被摧毁，18套严重受损，交通、通讯、水电等基础设施瘫痪，63只圈养大熊猫1只死亡1只失踪。幸存的大熊猫被分批转移，32只被转移到成都、北京、福州等地寄养，其余的则被转移到碧峰峡基地紧急安置。
震后，原中国卧龙大熊猫博物馆改建为“卧龙自然与地震博物馆”，中国大熊猫保护研究中心在卧龙神树坪——黄草坪一带异地重建，在都江堰新建大熊猫救护与疾病控制中心。2012年10月30日，大熊猫回家仪式在卧龙神树坪基地举行，欢迎震后首批18只大熊猫从碧峰峡基地重返卧龙，标志着卧龙灾后重建工作基本完成。